En strid ström av vetenskapliga handlingar flödade från hans flitiga penna, varav några skrifter är Carmen heroicum LXXX versibus conscriptum ob Narvam obsessam (1700), Beskrifning om Ramlösa (1708), Historia inedicz diuturnce Estherce Norre-Obyensis Scanicce (1715) och Historia academice Lundensis (1740-42). En lustig universitetslärare lär han ha varit. Vid en föreläsning om hur en hög panna torde vittna om hög intelligens lät Döbelius sin peruk glida allt längre bakåt – för att understryka sin teori. Att städse vara en stor skämtare, tillika utmärkt lärare, eldfängd kollega och med ett allomfattande intresse för läkekonsten var drag som kom att prägla Döbelius livsverk. Den driftige läkaren upptäckte Ramlösa brunns läkande krafter på soldater som sjuknat och lemlästats i kriget. Brunnsvattnet tycktes påskynda läkeprocessen. 1707 öppnades källan för alla; frälse, präster, borgare och bönder tillika. Döbeln var även ekonomiskt skicklig och inköpte snart det frälsehemman som skulle bli hans söners fideikommiss, Björkholm, med sina 33 mantal, beläget i Halland. Döbelius kom att uppskattas av Karl XII under hans vistelse i Lund år 1716 och 1717 adlades Döbelius, 43 år gammal och antog namnet von Döbeln. 1738 gifte sig Johan Jakob von Döbeln en andra gång, med Maria Scheuerle, (1696-1762). De fick inga barn. År 1743 ådrog han sig en elak förkylning vid en minneshögtid i kyrkan, då den avlidna drottningen Ulrika Eleonoras begravningsdag hedrades. Johan Jakob von Döbeln dog 69 år gammal 1743 i Lund, som hyste det universitet han kom att hålla av så mycket att han skänkt detta sin mycket omfattande boksamling, Bibliotheca Döbeliana. Under år 2007 har delar av denna ställts ut i Lunds universitets bibliotek till minne av att Ramlösa brunn firar sitt 300-årsjubileum 2007.